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Livre Phylogénie

Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire

  • Auteur(s) : Guy Perrière , Céline Brochier-Armanet
  • Editeur : Springer
  • Nombre de pages : 250 pages
  • Date de parution : 01/01/2010

Résumé

Ce livre a pour ambition de brosser un panorama complet de l’une des disciplines les plus actives de la bioinformatique : la phylogénie moléculaire. Celle-ci a pour objet l’analyse des séquences biologiques (ADN et protéines) en vue de la reconstruction d’arbres phylogénétiques.

Après un bref rappel des notions fondamentales de la biologie moléculaire, les auteurs de cet ouvrage s’attachent à présenter l’ensemble des méthodes algorithmiques utilisées dans ce domaine : parcimonie, méthodes de distances, maximum de vraisemblance et d’autres, parmi les plus récentes et encore inédites dans les ouvrages en français sur le même thème, comme les approches bayésiennes.

Écrit avec un véritable souci pédagogique, ce livre s’adresse principalement aux étudiants en biologie (niveau Licence et Master), aux chercheurs de différentes spécialités (microbiologistes, écologues, ingénieurs agronomes), ainsi qu’aux bioinformaticiens amenés à utiliser les méthodes de la phylogénie dans le cadre d’analyses courantes comme l’annotation de génomes.

Guy Perrière est directeur de recherche au CNRS, membre du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UMR CNRS 5558 – université Claude Bernard-Lyon 1).

Céline Brochier-Armanet est maître de conférence à l’université de Provence (Aix-Marseille I) et membre de l’équipe « Génome, Evolution, Bioinformatique » du Laboratoire de chimie bactérienne à Marseille (CNRS - UPR9043).

Content Level Professional/practitioner

Mots clés Bioinformatique - approche statistique - modèles - phylogénie - tests de validation - évolution

Thématiques proches Bioinformatics - Evolutionary & Developmental Biology - Life Sciences, Medicine & Health - Microbiology - Numerical and Computational Mathematics

Sommaire

* Avant-propos
* Sommaire
* Notions élémentaires
* Modèles d'évolution moléculaire
* Maximum de parcimonie
* Méthodes de distances
* Maximum de vraisemblance
* Approche bayésienne
* Évaluation et robustesse des phylogénies
* Bibliographie
* Index

















Ecologie Microbienne (Microbiologie des milieux naturels et anthropisés)

  • Nombre de pages : ~1000 pages
  • Date de parution : 01/12/2011

Résumé

Cet ouvrage est un traité d'écologie microbienne dont l'objectif est l'étude des micro-organismes dans les milieux naturels et anthropisés.
Le «compartiment microbien», qui est une composante des écosystèmes, regroupe les procaryotes et eucaryotes unicellulaires ; les virus sont également objet d'étude dans la mesure où ils sont impliqués dans des problématiques écologiques et environnementales.
Les thématiques développées ont pour but la connaissance :
- de l'origine des micro-organismes et de leur évolution
- de leur diversité taxonomique et fonctionnelle
- de leur adaptation aux conditions environnementales
- de leurs interactions biotiques et abiotiques
- de leur activité au sein des écosystèmes, en particulier leur intervention dans les cycles géochimiques
- de leur capacité de biodégradation, notamment des xénobiotiques, mise au service de la protection des écosystèmes et de la réhabilitation de sites contaminés.

Content Level L'ouvrage, qui n'a pas d'équivalent en langue française, s'adresse prioritairement aux étudiants des licences et des masters scientifiques et professionnels, et aux doctorants. Il est également très utile aux chercheurs et aux enseignants-chercheurs, en particulier les microbiologistes et les écologues, qui souhaitent approfondir leur connaissance de la microbiologie des milieux naturels.

Sommaire

L'ouvrage est structuré en cinq parties :

* Dans la 1ère sont définis les champs thématiques de l'écologie microbienne. L'histoire de cette discipline est brièvement rappelée, avec notamment la présentation des travaux de Winogradsky, premier microbiologiste à parler de la «microbiologie des milieux naturels». Elle se termine par la description de l'exceptionnelle flexibilité métabolique des micro-organismes qui leur a permis de survivre aux bouleversements qui ont jalonné l'histoire de la vie sur notre planète et de coloniser les milieux les plus inhospitaliers passés et présents.

* La 2e partie donne une description du monde microbien et de son évolution à partir du dernier ancêtre commun à tous les organismes vivants.

* La 3e partie présente la diversité des micro-organismes, leur capacité d'adaptation à différentes conditions environnementales jusqu'aux plus extrêmes. Dans cette même partie sont aussi abordés les interactions entre micro-organismes et entre les micro-organismes et les macro-organismes, ainsi que les transferts d'informations génétiques au sein des populations et des communautés.

* La 4e partie traite du rôle des micro-organismes dans le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés par l'étude des cycles biogéochimiques des éléments biogènes, par leur intervention dans le fonctionnement des réseaux trophiques et par l'exploitation de leur capacité à dégrader les déchets et les polluants chimiques. Le devenir des micro-organismes pathogènes libérés dans l'environnement est également abordé.

* La 5e partie est consacrée à la description et l'utilisation des techniques mises en œuvre pour identifier et étudier les micro-organismes dans leur environnement naturel à différentes échelles d'observation spatiales et temporelles, du gène à l'écosystème, de la cellule à la communauté microbienne, du micro au macro environnement.