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Enseignement - Teaching

Nouvelles formations de master à l'Université Claude Bernard Lyon 1

Ouverture septembre 2016

  • bioinfo@lyon - Bioinformatique Moléculaire : Méthodes & Analyses Responsable : Cé Brochier-Armanet [En savoir plus]
  • bee@lyon - Biodiversité, Ecologie, Evolutioninformatique Responsable : Cristina Viera [En savoir plus]

Lectures conseillées

Phylogénie moléculaire

  • Concepts et métodes en phylogénie moléculaire par Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet (Springer - 2010) [Link]
  • Bioinformatique - Cours et cas pratique par Gilbert Deléage et Manolo Gouy (Dunod - 2013) [Link]

Evolution

  • Revue Espèces [Link]
  • Biologie Evolutive sous la direction de Frédéric Thomas, Thierry Lefevre, Michel Raymond (de Boeck - 2010) [Link]

Microbiologie

  • Ecologie Microbienne (Microbiologie des milieux naturels et anthropisés) sous la direction de Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette, Philippe Lebaron, Robert Matheron et Philippe Normand (Presses universitaires de Pau et des Pays de l'Adour - 2011) [Link]
  • Microbes de l'Enfer Patrick Forterre (Belin - 2007) [Link]

Exobiologie

  • Le soleil, la terre, la vie (La quète des origines) par Robert Pascal Hervé Martin, Muriel Gargaud, Purificacion Lopez-Garcia et Thierry Montmerle (Belin - 2009) [Link]
  • From Suns to Life: A Chronological Approach to the History of Life on Earth par Muriel Gargaud, Philippe Claeys, Purificacion Lopez-Garcia, Hervé Martin, Thierry Montmerle, Robert Pascal, Jacques Reisses (Springer - 2006) [Link]
  • Des atomes aux planètes habitables sous la direction de Philippe Claeys, Muriel Gargaud et Hervé Martin (Presses universitaires de Bordeaux - 2005) [Link]
  • L'environnement de la terre primitive (2e édition) sous la direction de Didier Despois, Muriel Gargaud, Jean-Paul Parisot (Presses universitaires de Bordeaux - 2005) [Link]
  • Les Traces du vivant sous la direction de Muriel Gargaud (Presses universitaires de Bordeaux - 2003) [Link]

Ecole thématique MuFoPam (Quimper - 2016)

  • Cours [PDF]
  • TP [PDF]
  • Fichier ET_MuFoPam_2016_HS_defb_nuc.fst [file]
  • Fichier ET_MuFoPam_2016_HS_RN_defb_nuc.fst [File]
  • Tree Thinking Challenge [PDF]

Université Lyon 1 - INSA

ED E2M2 - Analyse de séquences et phylogénie moléculaire

  • Phylogénie : introduction [PDF]
  • Phylogénie : généralités [PDF]
  • Phylogénie : parcimonie et exploration de l'espace des arbres [PDF]
  • Phylogénie : modèles d'évolution et méthodes de distances [PDF]
  • Phylogénie : maximum de vraisemblance [PDF]
  • Tree Thinking Challenge [PDF]
  • Exercices [PDF]

M2 - EcoSciences / INSA - 5BIM

  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours 0 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours 1 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours 2 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours 3 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours Dominique Mouchiroud 1 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours Dominique Mouchiroud 2 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours Dominique Mouchiroud 3 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours Dominique Mouchiroud 4 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Cours Dominique Mouchiroud 5 [PDF]
  • Evolution moléculaire et phylogénie - Annales 2014 [PDF]
  • Tree Thinking Challenge [PDF]
  • Séquences de globines humaines [Non alignées] [Alignées_clustalw] [Alignées_muscle] [Arbre NJ]
  • Séquences mitochondriales [Non alignées] [Alignées]
  • Seaview [PBIL]
  • NJPlot [PBIL]

M1 - EcoSciences - Microbiologie

M1 - Génétique et Biologie Cellulaire

  • Introduction à la BioInformatique - Cours [PDF]

4BIM - AMIG

  • Cours 1 - Projets génomes et séquençage [PDF]
  • Cours 2 - Annotation structurale des génomes [PDF]
  • Cours 3 - Annotation fonctionnelle des génomes [PDF]
  • Cours 4 - Alignement de séquences [PDF]
  • Cours 5 - Phylogénie [PDF]
  • Lectures conseillées [PDF]

Master Microbiologie générale - Institut Pasteur

  • Phylogénie et évolution des microorganismes [PDF]

Museum National d'Histoire Naturelle - stage "ORIGINES DE LA VIE, DE LA TERRE AUX EXOPLANETES"

  • A la recherche de LUCA et des origines de la vie [PDF]